Ông quê ở tỉnh Hà Nam. Sau đó ông chuyển lên Hà Nội. Ông sống và làm việc tại căn nhà nhỏ số 75 Charon (Mai Hắc Đế). Bùi Phụng từng là chủ nhiệm Khoa tiếng Việt và Văn hoá Việt Nam cho người nước ngoài của Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội. Ông qua đời vào 9 giờ 20 phút ngày 1 tháng 9 năm 2007 tại bệnh viện Việt Đức, Hà Nội sau gần 3 tuần nằm viện và trải qua một cuộc phẫu thuật tim.